Начать игру нам придется под управлением Женщины-Кошки, а не Бэтмена, как могло бы показаться. Разбираемся с людьми Двуликого, после чего взламываем сейф, где весь наш успех прерывает заявившийся Харви.

Пингвин жаждет мести с Уэйном, т.е. с Бэтменом, поэтому похищает его прямо на мероприятии по закрытию Аркхэма-Сити. Придя в себя в темном помещении, перед нашим носом начинает мельтешить местный доктор Хьюго Стрейндж, который, видимо, желает заполучить власть над всем городом. Недолго думая, раскачиваемся на стуле и освобождаемся от повязок. Заявившегося солдата оглушаем контрударом, после чего другой солдат выкинет нас на площадку к другим заключенным. Встаем в очередь «А» и проходим в лифт. Поднявшись наверх, выносим заключенных, после чего помогаем Джеку Райдеру встать на ноги. В это время заявится сам Пингвин. После беседы с ним, наносим ему контрудар в момент, когда тот начнет замахиваться. Разбираемся с его людьми и поднимаемся на крышу по лесенке, взобраться на которую можно по контейнеру с мусором. Теперь нужно сменить засаленный костюм на фирменную экипировку Бэтмена. Прыгаем на соседнее здание с неоновой вывеской и, пробираясь по уступам, попадаем на крышу. Экипировавшись, взламываем закодированный радиосигнал, обозначенный оранжевым кругом. Нужно спасти Женщину-Кошку от Двуликого. Летим к зданию суда, разбираемся с охраной и проникаем внутрь. Бесшумно обезвреживаем противника с оружием, после чего спрыгиваем вниз и приступаем к мордобою с весьма сильно убывшей публикой.

Селина спасена, нужно обследовать это место на наличие улик. Сканируем стекло, в которое стрелял Джокер, а так же дырку в полу от пули. Судя по траектории полета пули, стрелок находился в церкви неподалеку, — следуем туда. Внутри встречаем Куинн, которая бежит нам навстречу, чтобы поприветствовать, судя по всему. Выставляем кулак вперед, после чего та обидится и покинет помещение. Но ее вооруженные громилы, что стоят впереди, не дадут нам пройти. Кидаем дымовую шашку и поднимаемся на горгулью вверху. Использовав режим Детектива, пролетаем на последний уступ вдали, бесшумно спрыгиваем вниз и совершаем двойной контрудар. Осталось двое громил с заложниками. Одного душим ногами, повиснув на лесах, второго вырубаем, пробив деревянную стенку. Заложники освобождены, теперь нужно обследовать место выстрела, то бишь колокольню. Открываем дверь справа от главного входа и поднимаемся вверх. Просканировав снайперскую винтовку, смотрим видеозапись от Джокера, после чего выпрыгиваем в окно, спасаясь от бомбы.

Нужно найти Джокера, чтобы допросить его о том, что он знает о Протоколе-10. Искать его логово придется по радиосигналу. Если сигнал четкий и обозначается более ветвисто, то мы идем в верном направлении. Так же в этом поможет указанное расстояние до цели. Добираемся до башни, откуда связываемся с Альфредом. Чтобы попасть на завод, придется прыгнуть в дымоход, который находится тут же по соседству.

Спрыгиваем с веревки вперед на площадку. Скользим под бетоном, переползаем трубы. Чтобы не сгореть на углях, берем бэткоготь и, с его помощью, открывает люк впереди. Спрыгиваем вниз, по уступу переползаем над расплавленным железом. Залезаем на перила, откуда перепрыгиваем на другие такие же. Будучи в тупике, наносим на пол взрывчатый гель и спускаемся вниз. Достаем бэтаранг и запускаем его в красную кнопку над трубой, откуда исходят горячие пары воздуха. Залезаем в узкий проход и видим несостоявшуюся казнь доктора. Когда все заключенные убегут, под решеткой проползаем под оставшимися клоунами и, не вступая с ними в контакт, пролезаем дальше. Чтобы убрать пар, мешающий нам пройти далее, в режиме детектива идем вдоль трубы и с помощью быстрого бэтаранга отключаем сразу три переключателя одновременно. Теперь можно со спокойной душой пройти мимо злосчастной трубы, чтобы обрушиться на головы слуг Джокера. Разобравшись с ними, открываем карту местности и следуем к конвейеру. Использовав режим Детектива, ищем другой путь. Для этого следуем по конвейеру, где открываем дверь с помощью кнопки находящейся здесь же. Бесшумно устраняем клоунов и прыгаем в следующее помещение через окно. Устраняем остальных вооруженных бандитов, после чего освобождаем доктора Стейси. Забираем новое оружие и продолжаем держать путь к Джокеру.

Возвращаемся обратно в погрузочный цех, но, запаянная людьми Куинн дверь, не выпустит нас отсюда. Слева от нее есть другая дверь, открыть которую можно с помощью дистанционного электрозаряда. За ней открываем точно таким же способом следующую дверь и выходим к конвейеру. Через вентиляцию выходим к четырем клоунам и раскидываем их. Следуем на площадку, где встречаем Куинн. Когда та убежит к весьма побитому титаном Джокеру — достаем электрозаряд и используем его на генератор, который находится напротив вывески. Раскачивая тем самым кран, сносим вывеску и забираемся наверх. Оттуда нас скинет своей чугунной ногой однорукий накачанный клоун. Парализуем его электрозарядом, чтобы тот, размахивая своей кувалдой, нанес клоунам неслабый урон, тем самым не заставляя нас сильно напрягаться. Когда все клоуны будут на полу, добиваем здоровяка и забираемся наверх, где Джокер устроил ловушку для Бэтмена.